A formação da Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) das ONGs tem gerado conflitos entre governo e oposição, seguindo a tradição das CPIs. Após mais de um mês desde a leitura do requerimento pelo presidente do Senado, Rodrigo Pacheco (PSD-MG), os partidos começaram a indicar os parlamentares que integrarão a comissão.
Segundo o jornalista Raphael Pati, do Correio Braziliense, a oposição enxerga na investigação sobre a atuação das ONGs na Amazônia uma oportunidade para desgastar o governo, especialmente após a perda de força da CPI do 8 de Janeiro e as incertezas em torno da instalação da comissão que investigará o Movimento dos Sem Terras na Câmara dos Deputados.
A oposição argumenta que é fundamental expor as atividades das ONGs, as quais, segundo alguns parlamentares, estariam envolvidas em doutrinação esquerdista das comunidades indígenas e atuando como fachada para o contrabando de recursos biotecnológicos.
Por outro lado, os senadores governistas acreditam que essa iniciativa é mais uma tentativa de perpetuar a antiga narrativa, presente desde a época da ditadura militar, de que as ONGs na Amazônia são agentes de países estrangeiros interessados nos recursos da região.
A senadora Eliziane Gama (Cidadania-MA) critica a CPI das ONGs, argumentando que ela carece de clareza na definição de seu escopo, o que inviabiliza suas atividades.
Já o senador Plínio Valério (PSDB-AM) acredita que a CPI tem o potencial de alertar o Brasil e até mesmo europeus bem intencionados sobre os benefícios que as ONGs obtêm na Amazônia.
Mesmo entre os indígenas, há defensores da instalação da CPI das ONGs. Ysani Kalapalo, líder indígena do Xingu, critica a atuação das organizações na região, incluindo a Associação Terra Indígena do Xingu (ATIX), que supostamente teria utilizado recursos repassados pelo Instituto Socioambiental (ISA) de forma indevida para influenciar e cooptar líderes indígenas nas decisões estratégicas das tribos.
A ATIX optou por não se manifestar sobre as acusações, enquanto o ISA não respondeu às solicitações de informações.

